Το 1999 ο Θεόδωρος Πάγκαλος ήταν υπουργός Εξωτερικών στην κυβέρνηση του Κώστα Σημίτη. Τότε ήταν που εκτυλίχθηκε το απίστευτο θρίλερ με πρωταγωνιστή τον Αμπντουλάχ Οτσαλάν, τον αρχηγό των Κούρδων του PKK.
Για την υπόθεση του Αμπντουλάχ Οτσαλάν, στις αρχές του 1999, μέχρι και σήμερα παραμένει ασαφής η ανάμιξη που είχε ο Θεόδωρος Πάγκαλος, ως υπουργός Εξωτερικών.
Ο Οτσαλάν κατέφυγε στην Ελλάδα, ενώ καταδιωκόταν από την Τουρκία. Ο κούρδος ηγέτης του PKK μεταφέρθηκε, με την έγκριση του Θεόδωρου Πάγκαλου, στην πρεσβεία της χώρας μας στο Ναϊρόμπι της Κένυας, συνοδεία του αξιωματικού της ΕΥΠ, Σάββα Καλεντερίδη, ο οποίος αργότερα δέχτηκε προφορικές εντολές αμφισβητούμενης προέλευσης να εκδιώξει τον Οτσαλάν από την ελληνική πρεσβεία.
Κάποιες πηγές ανέφεραν ότι οι εντολές αυτές προέρχονταν από τον υπουργό Εξωτερικών, τον Θεόδωρο Πάγκαλο, αν και ο ίδιος το αρνείται.
Επίσης, ο Θεόδωρος Πάγκαλος παρείχε διαβεβαιώσεις στον Έλληνα πρέσβη ότι είχε εξασφαλίσει δίοδο για τον Οτσαλάν προς την Ολλανδία σε συνεργασία με τις κενυάτικες αρχές.
Εκείνες, όμως, παρέλαβαν τον Κούρδο ηγέτη από την ελληνική πρεσβεία και τον οδήγησαν σε άγνωστη κατεύθυνση, σε μία επιχείρηση ενορχηστρωμένη κρυφά από τις μυστικές υπηρεσίες της Τουρκίας (ΜΙΤ) με τη συνδρομή της CIA.
Ο Θεόδωρος Πάγκαλος δέχτηκε κριτική και για το γεγονός ότι δεν εξασφαλίστηκαν εγγυήσεις από τους Κενυάτες για την ασφαλή μεταφορά του Οτσαλάν στην Ολλανδία, αλλά ο ίδιος δικαιολογήθηκε, λέγοντας ότι απουσίαζε τρεις μέρες από την Αθήνα και δεν παρακολουθούσε την υπόθεση.
Από την κινηματογραφική σύλληψη Οτσαλάν από τις τουρκικές μυστικές υπηρεσίες, ξέσπασε πολιτική κρίση στην Ελλάδα που οδήγησε στην παραίτηση τριών υπουργών, συμπεριλαμβανομένου και του Θεόδωρου Πάγκαλου.
Στις 16 Φεβρουαρίου 2023 συμπληρώθηκαν 24 χρόνια από εκείνη τη μέρα που άφησε το στίγμα της στην πολιτική ιστορία της τελευταίας δεκαετίας του 20ού αιώνα.