Έντονα ερωτήματα για τον τρόπο με τον οποίο υλοποιούνται τα μεγάλα ευρωπαϊκά αμυντικά προγράμματα εγείρει το κόστος του Eurofighter. Σύμφωνα με στοιχεία που επικαλείται το Zone Militaire, το Γαλλικό Ελεγκτικό Συνέδριο επισημαίνει ότι το μοναδιαίο κόστος του Eurofighter είναι «σχεδόν διπλάσιο» από εκείνο του Rafale, παρά το γεγονός ότι πρόκειται για προϊόν πολυεθνικής συνεργασίας.
Το πρόβλημα δεν περιορίζεται μόνο στη Γαλλία. Το Βρετανικό Ελεγκτικό Συνέδριο εκτίμησε ότι το συνολικό κόστος των Eurofighter που απέκτησε το Ηνωμένο Βασίλειο έφτασε τα 43,6 δισ. ευρώ, ποσό που αντιστοιχεί σε υπέρβαση κόστους κατά 75% σε σχέση με τις αρχικές προβλέψεις. Τα στοιχεία αυτά περιλαμβάνονται σε πρόσφατη έκθεση της Γαλλικής Γερουσίας για την Ευρωπαϊκή Βιομηχανική και Τεχνολογική Βάση Άμυνας.
Οι γερουσιαστές Πασκάλ Αλιζάρ και Ελέν Κονγουέι Μουρέ, αποδίδουν τις υπερβάσεις σε παράγοντες όπως το υψηλό κόστος διαπραγματεύσεων μεταξύ των εταίρων, τον πολλαπλασιασμό των γραμμών συναρμολόγησης σε διαφορετικές χώρες και την προσπάθεια ορισμένων κρατών να χρησιμοποιήσουν το πρόγραμμα για να αποκτήσουν τεχνογνωσία που δεν διέθεταν.
Ακόμη πιο ανησυχητικό θεωρείται το γεγονός ότι, σύμφωνα με το Γερμανικό Ελεγκτικό Συνέδριο, το κόστος συντήρησης του Eurofighter σε βάθος χρόνου αναμένεται να είναι διπλάσιο από τις αρχικές εκτιμήσεις, επιβαρύνοντας περαιτέρω τους κρατικούς προϋπολογισμούς.